一种可控坡式微藻养殖系统及其微藻养殖的方法，它主要包括：一微藻预处理池；一置于坡比为1%-5%的斜面上，其上有吸热涂层的可控坡式自流自动升温微藻养殖器；一藻液收集和后处理池；所述吸热涂层，涂于构成可控坡式自流自动升温微藻养殖器的直管和“U”形管靠近斜面一侧的内壁上；在所述“U”形管上设置有二氧化碳进气口；在所述每个直管的两端设置有阀门；所述的直管上还设置有排氧孔；在所述可控坡式自流自动升温微藻养殖器的末端安装有流量控制器；将预处理池中的初级藻液导入可控坡式自流自动升温微藻养殖器，以实现微藻的周期12-24h培养和收集；它可以实现微藻规模培养，基本结构简单易于实施，能满足工业化微藻养殖的需求。