本发明公开了一种可反冲洗组合式农田面源污染截流净化系统，它通过利用部分沟渠（河浜）床构建导流溢流堰、可反冲洗立式填料、生态沉降坑等结构，梯度配置挺水植物和藻类，形成物理-植物-微生物的三元立体净化体系，使得沟渠（河浜）内水力条件大为改善，水力停留时间得以延长，农田面源污染物得到有效拦截与沉降，并最终在生物协同作用下于生态沉降坑内被分解净化；每隔一段使用时间，将可反冲洗立式填料反向放置，即可自行清除淤堵，继续发挥拦截功效，人工管理作业得以减轻，同时在大雨量径流或洪水位情况下，该净化系统不影响沟渠（河浜）行洪。根据具体地形地势，可以将这种截流净化系统串连使用，使得水体能得到多级净化。