本发明提供的是一种高梯度磁场与脉冲磁场联合的船舶压载水处理方法。经预处理的压载水进入串联在压载泵向船舶压载舱加压载水的输出端口处的管道中的能产生高梯度磁场与脉冲磁场联合场的填充钢毛基质的管道内进行处理。本发明可综合脉冲磁场和高梯度磁场的优点，大大提高了设备中微生物和悬浮物所受的磁场力，在去除50微米以上的微生物、浮游生物、植物和悬浮颗粒的同时，还对50微米以下的病毒、细菌和原生动物有很强的杀灭作用，提高微生物的灭活率，且安全可靠，不会影响船舶的正常运行维护。