本发明公开了一种沉水植被与浮叶植被混合型潜流湿地系统中沉水植被的配置方法，其水下草皮种植区中种植四季常绿水下草皮，其中，50%为改良矮型苦草。本发明利用耐污能力较强的四季常绿水下草皮和改良矮型苦草构建水下生态系统，利用沉水植被的吸收、吸附、促沉降、光合放氧、硝化作用等生理代谢活动达到有效去除水中氮、磷及其他营养污染物以净化水质的目的。