本发明公开了一种利用超声处理抑制大豆异黄酮生物合成的方法，其特征在于包括如下步骤：①种子消毒；②种子萌发培养；③大豆子叶(含子叶节)外植体制备；④超声处理；⑤外植体培养；⑥测定步骤⑤外植体的异黄酮合成途径中关键酶基因相对表达量、PAL活性和异黄酮合成积累量。本发明提供的方法操作简单、省时、成本低，同时为研究大豆组织中异黄酮含量与其对病源微生物防御反应的关系提供一种新途径，也为揭示大豆遗传转化机理研究奠定基础。