本发明公开了一种确定超声波处理有机物料的最佳频率的方法，该方法包括如下步骤：A、确定目标有机物；B、根据目标有机物化学键的键长L、化学键两端中较小端的分子表面积S，计算打断有机物化学键所做的功W；C、计算打断目标化学键的控制参数ξ；D、计算出空化气泡溃灭时产生的压强P；E、将上述步骤所得参数整理进入Rayleigh-Plesset方程，获得超声波频率计算模型；F、通过对超声波频率计算模型进行参数调整获取超声波处理目标有机物的最佳频率；G、根据步骤F所得最佳频率设计、制作用于处理目标有机物的超声波换能器。本发明用于超声化学工业产业中指导设计超声波换能器，能够避免由于反复实验寻找超声波最佳频率造成的人、财、物和时间的浪费。