本发明涉及一种原料药生产废水的处理方法，主要解决现有技术存在间歇操作时间长，设备体积大，人员保护差，易引起二次污染，人工计量不精确，处理终点不能有效控制的问题。本发明通过采用自吸式管道混合反应器对废水进行自动混合、按比例加入降解试剂，使降解试剂及时有效地分散在废水中，进行充分的接触混合，控制终点反应液pH≥13或pH≤1，排至后续的废水处理站进行生化处理的技术方案，较好地解决了该问题，可应用于原料药生产废水处理的工业生产中。