本发明公开了一种钛及钛合金医疗器械表面活性抗菌复合涂层的制备方法，该方法为：一、将待处理钛或钛合金医疗器械超声清洗干净后浸没在NaOH溶液中进行碱热处理；二、在含生物活性元素和抗菌成分的电解液中对钛或钛合金医疗器械进行微弧氧化处理；三、再将上述钛或钛合金医疗器械进行水热处理，最后真空干燥，即得到活性抗菌复合涂层。本发明采用纳米银/二氧化钛复合抗菌剂在钛或钛合金基体表面形成抗菌层，对人体手术创口常见细菌均具有很好的长期抗菌效果，并对常见炎性细菌具有抗粘附作用。同时涂层中的Ca、P活性成分能够改善生物活性，加速骨整合，进而大幅提高钛及钛合金医疗器械的抗菌性能、临床治疗效果和适用范围。