本发明属于水产养殖业领域，具体涉及一种水产养殖的杀菌系统。本发明所述水产养殖的杀菌系统，其包括诱引光源、水泵和至少一个杀菌装置，所述诱引光源设置在水泵进水口周围，所述水泵出水口与杀菌装置的入口相通，所述杀菌装置的出口与水体相通。本发明借助生物的趋光性，实现了养殖体系中微生物的富集，利用电离法、紫外线法或高压电场脉冲法进行杀菌，在保证高效杀菌的同时尽量小的影响水产养殖环境，确保水产品的产量和质量。