本发明涉及一种微污染水体中硝酸盐的净化方法，属于污水处理领域。取一定量鱼腥草、地瓜藤、葛藤，粉碎，加入无水乙醇，过层析柱，提取出叶绿素a和细菌叶绿素混合物；将上述混合物置于具塞比色管中，加入蛋白质、果胶，混合均匀，用乙醚定容，再用滤膜过滤除菌；将磷酸二氢钠、氯化镁溶解于去离子水中，搅拌冷却后加入滤膜除菌后的叶绿素a和细菌叶绿素混合液中；加入琥珀酸，调节pH；在上述混合液中加入甲醇、乙酸乙酯，搅拌，并加入谷氨酸，灭菌，调整pH，冷却，经无菌过滤得到上层无色清液；在上述清液中加入硫代硫酸钠与氯化镁溶液，调节pH，冷却灭菌，混合后倒入灭菌试管中，低温避光保存即可。本发明设备造价低廉，运行成本费用低，管理简便，且去除磷酸盐高效，低耗，无二次污染。