本发明公开了一种基于MBBR的短程硝化工艺启动与运行方法，属于污水处理领域，其解决了以往生化工艺中的不易启动、亚硝酸盐积累效果不稳定、处理负荷低等问题。本发明方法包括接种启动、MBBR短程硝化启动、MBBR短程硝化连续流运行，最终氨氮膜面负荷达到1.5gN/(m²·d)以上，亚硝酸盐积累率稳定≥90％，满足后续反硝化或厌氧氨氧化对氮素的要求。本发明的短程硝化效果稳定；氨氮氧化负荷高，节约占地，操作简单，运行可靠；相比传统工艺，可实现污泥的选择与淘汰，防止长期运行失稳；氧利用率高，曝气流化能耗低。