本发明涉及一种处理高含盐量的混合废水的方法和专用系统，该方法将电导大于2000μs/cm，水硬度大于500mg/l的污水净化处理为电导率小于100μs/cm的除盐水，其步骤包括：(一)将污水用序批式活性污泥法处理：污水先经过第二缺氧池(4)通过缺氧反应进行反硝化，再经过缺氧/厌氧池(5)进行缺氧反应或厌氧生物无机磷的释放反应，再经过好氧池(6)通过好氧反应完成有机物的降解、生物氨氮的硝化和磷吸收，然后进入第一序批池(1)或第二序批池(7)进行缺氧、好氧反应，然后沉淀出水，得到处理后的污水；(二)再将污水用浸没式外压超滤膜法处理；(三)然后将污水用反渗透膜法处理，以分离水中的盐分。本发明技术占地小，污泥量少，集约化程度高，自动化化水平高，吨水投资小，施工周期短，反渗透的污堵速度慢。