本发明公开了一种富含矿物营养元素的深海小分子团水及其制备方法和在化妆品中的应用。深海小分子团水的制备方法：在每升淡化海水中加入80～120g矿化活化制备材料，然后用超声时间/间歇时间为3/5～2/3、超声功率850～1000W/L、超声温度30～60℃的脉冲超声处理20min～40min得到深海小分子团水；所述的矿化活化制备材料：按总质量分数100％计，包括麦饭石15％～30％、托玛琳弱碱性石40％～60％和远红外石15％～30％；或按总质量分数100％计，包括玛琳弱碱性石50％～70％和远红外石30％～50％。深海小分子团水可代替各种化妆品制备过程中的用水及各种成分合成与配制过程中的用水，制得的化妆品各类物理化学性质都显著优于用去离子水制得的化妆品，能有效平衡肌肤毛发的酸碱度，快速补充活性水，使皮肤持久水润。