本项发明公开一种NaA-NaY分子筛复合膜的制备方法及用途，该方法以氢氧化钠、氧化铝、二氧化硅和去离子水为原料制备NaA和NaY分子筛，进行复合而成，NaA分子筛具有良好的水选择透过性，NaY分子筛具有加强分子筛复合膜结构稳定的作用，二者相辅相成，可在进行盐溶液的脱盐处理的同时，可以减小离子对膜结构的破坏，延长使用寿命。本复合膜材料原料易购、价格低廉、制作简单，性质稳定，该材料用于盐溶液脱盐淡化，特别是对于海水的脱盐淡化处理。