本发明公开了一种变滤波系数的混合储能平滑风功率控制系统，所述控制系统包括信号测量采集单元、信号传输单元、变系数滤波器、功率分配器、超级电容储能系统、蓄电池储能系统，通过改变滤波器滤波系数优化补偿功率在各储能单元间的分配，波动风功率经变系数滤波器、功率分配器处理后，得到需蓄电池储能系统和超级电容储能系统补偿的功率值，各储能系统采用PQ控制输出补偿功率回馈至电网，以达到平滑波动功率的目的，本发明既满足了平滑风功率输出的要求，又降低了蓄电池的放电深度，延长了蓄电池寿命，同时还使得超级电容储能设备利用率得到了提高。