本发明公开了离子色谱法测定甲磺酸甲酯含量的方法及应用。甲磺酸甲酯在碱性条件下加热水解生成甲磺酸和甲醇，以电导检测器为检测手段，经过阴离子交换柱分离后经过抑制器，然后通过检测甲磺酸的含量从而得到甲磺酸甲酯的含量。本发明首次利用离子色谱法对甲磺酸甲酯进行检测，甲磺酸甲酯在碱性条件下能够完全水解，将甲磺酸甲酯在最佳的水解条件水解后，利用离子色谱仪对溶液进行分离检测；所需仪器设备简单，成本低廉，避免了使用色谱-质谱联用技术，简化了操作过程，降低了成本。本方法的整体稳定性，重现性理想，测定数据准确可靠，可以广泛应用于生物制药、药代动力学研究、食品安全等领域。