本发明公开了一种用于微小卫星电源系统的太阳能电池最大功率追踪装置及其控制方法，该装置包括：一控制单元和多路功率输出单元；控制单元根据任一路功率输出单元中信息采集模块采集的输入电压和输出电压调节相应DC-DC转换模块的工作模式，若工作在升压模式或降压模式，则控制单元根据当前时刻和前一时刻的输出功率进行MPPT控制；若DC-DC转换模块失效则打开相应的故障模式模块。本发明基于一个控制单元即可集中控制多个DC-DC转换模块，DC-DC转换模块可以实现降压、升压、直通三种模式，并且故障模式单元可以在DC-DC转换模块失效时由控制单元进行模式切换，保证输入端到输出端的导通。