本发明公开了一种免疫检测微流控芯片荧光定量自动检测装置，包括激发光源、激发光聚焦模块、荧光收集模块、光电转换模块、线性运动平台模块、电路模块、反应自动执行模块、反应废液移除模块。检测过程中，由激发光聚焦模块得到的线形光斑对芯片实施一维定量扫描检测。控制器基于芯片二维规则检测区域的荧光信号强度分布信息，得到待测样品浓度或细胞个数。检测结果通过蓝牙连接手机并实时发送至医疗机构，实现远程诊断或流行病分布区域监测。本发明采用线形光斑一维扫描检测方法，实现了微流控芯片检测的定量化；依靠反应自动执行模块，实现微流控芯片检测的自动化，且通过集成的反应废液移除模块增大了容许的反应样品量，提高检测灵敏度。