本发明提供一种太阳能电池阵列功率变换系统，包括n个大电流太阳能阵、m个小电流太阳能阵、分压网络、主误差放大器、稳压电路、n个大电流阵顺序滞环控制器、小电流部分控制器和m个小电流阵顺序滞环控制器。本发明基于S3R控制技术提出了能量并行处理控制策略，把太阳能阵列分成两部分：小电流太阳能阵列部分和大电流太阳能阵列部分，小电流部分始终处于开关调节状态，大电流不是处于供电就是处于分流状态而不会处于调节状态。由于只有小电流处于开关调节状态，因而开关损耗较低；又由于只有小电流部分调节母线电压，因而减小母线电容RMS电流和潜在的EMI问题。