本发明公开了一种高通量农杆菌介导的玉米基因原位转化方法，其主要步骤包括：1、含有外源目的基因的农杆菌转化液的培养；2、转化液添加表面活性剂SilwetL-77后用电动注射仪将该转化液注入到玉米雌穗最内层苞叶的空隙处，使其浸泡雌花序，然后进行授粉；3、将收获种子播种后，对玉米幼苗除草剂抗性筛选，对除草剂抗性植株进行PCR检测，获得转基因植株。本方法避免了组织培养过程中对外植体基因型要求严格的缺陷和植株再生的过程，缩短了玉米转基因周期，利用电动注射仪每人每天可完成6000-8000株玉米的转化，可获得大量的转化体，进行玉米转基因研究。