本发明属于电气工程中的风电、光伏等新能源发电并网运行的电压无功控制技术领域，特别涉及一种新能源发电的电网电压无功复合协调控制系统及方法。本发明将静止型动态无功发生器、动态电压恢复器与现有的变电站电压无功综合控制装置相结合构成了动态电压无功控制系统，利用电压无功最优运行状态与电容器组和有载调压变压器分接头的单位调节变化量，把电压无功平面分割成十六个控制区，各个区域对应相应的控制策略。本发明通过对动态电压无功控制系统的协调控制，抑制了风电、光伏间歇式发电引起的电网电压无功频繁波动，改善了电网电压无功综合控制水平，便于实际工程应用，为智能电网中新能源并网发电运行的电压无功综合控制提供了关键技术支撑。