本发明提供了一种鱼类鳃盖标记的方法。所述方法1、选用pH值为6.5-7.5，水温为5-25℃，溶解氧为5-9mg/L的水为溶剂，在所述溶剂中溶入茜素红配制成浓度为50-200mg/L的茜素红水溶液；2、用充气泵向溶液中充气6小时后，再投放待标记的鱼进行浸泡，浸泡过程中，一直进行充气工作；3、浸泡溶液深度，高于所被浸泡鱼类体高的20-50cm；4、浸泡时间12-18小时，浸泡时间与溶液浓度成反比；5、将标记好的鱼类放入流水鱼池中养殖3个月，鱼类鱼鳃盖处出现直径为0.2-1.0cm的红色斑点标记。本方法避免了体外标记法及耳石荧光标记、温度标记等对鱼体损伤大且标记遗失率高的问题。