本发明公开了一种利用鸟粪石沉淀耦合微藻培养进行沼液和沼气净化的方法，包括如下步骤：a、测定养殖废水厌氧发酵后的沼液中NH₄⁺、Mg²⁺和PO₄^3-的浓度；b、向沼液中加入Mg²⁺和PO₄^3-产生鸟粪石沉淀，加入量以NH₄⁺的去除率达到70%—90%为标准；c、鸟粪石沉淀后，自然分离固体和液体，将液体pH值调节到适合微藻生长的范围内用于微藻培养；d、在调节pH值后的液体中接种微藻后，通入脱硫后的沼气进行培养；e、培养后进行固液分离，对微藻藻体进行收集利用。本发明利用鸟粪石沉淀技术降低沼液中的氨氮浓度、提升沼液的透明度以更利于微藻的生长，利用微藻对沼气中CO₂和沼液中氮磷等营养盐净化沼液和沼气，可以提升沼气利用价值、降低沼气工程运行成本。