本发明公开了一种净化灵芝孢子的方法，具体包括：采收的灵芝孢子粉置于2～6℃的冰水，洗涤、过筛，收集滤液；将滤液离心，高速离心脱水，得块状灵芝孢子粉；将块状灵芝孢子粉真空干燥，得净化的灵芝孢子粉。本发明采用低温洗涤、高速离心和真空干燥能降低灵芝孢子的生理代谢活性，缩短孢子浸泡在水中的时间，有效地避免灵芝孢子粉在加工过程发生发酵酸败作用，很好地保持灵芝孢子粉的原有芳香风味；与常规的过滤净化方法相比，采用本发明的技术所需时间缩短5倍，且产品的纯净度达到100%，有效地提高了工业生产的生产效率和产品质量。