本发明公开了一种全电船区域配电智能容错控制系统及控制方法，配电系统将全电船电力系统分为发电机组控制子系统、电力推进控制子系统、电网及其配电控制子系统，各控制子系统控制方式采用基于神经网络模型参考与模型辨识的智能容错控制的方法进行控制，控制方法具有学习功能，提高了各子系统对于故障的控制能力，从而提高全电船电力系统的故障控制能力。设计的船舶电力控制系统供电子系统与用电子系统可以实现满足船舶航行需要的动力配置的灵活组合，可以实施故障隔离和容错控制。本发明的电力系统结构及其容错控制方法能适应电力推进船舶电力系统对于故障控制的安全可靠的要求。