本发明公开了一种智能变电站自动化系统的安全风险评估方法，包括：(1)构建功能树和功能图；(2)计算叶功能节点的风险值及其风险等级；(3)自底向上计算每一功能节点的风险等级，进而确定系统的风险等级。本发明方法以智能变电站自动化系统业务功能为基础，能够真实的反映不同运行条件下智能变电站自动化系统所面临的安全风险；且综合考虑了软硬件对智能变电站自动化系统安全的影响，得到的智能变电站自动化系统和功能的风险等级值可以为智能变电站自动化系统功能在不同智能电子设备上的自由分布方案提供参考，为智能变电站自动化系统安全风险管理提供了有利的技术支持。