本发明属于水产养殖中群体鉴定技术领域,具体的说是一种鉴定鲢与鳙的微卫星标记与特异性引物及其在鲢、鳙杂交和遗传渐渗个体鉴定中的应用。即提供18个鲢、鳙种间特异性微卫星位点,其核苷酸序列为SEQ ID NO:1-18中的任一个,本发明还提供针对上述微卫星位点设计的引物,PCR扩增结果具有种间特异性,能够准确、有效地对鲢、鳙及其杂交和遗传渐渗个体进行鉴定,并可用来对自然水域和繁殖场亲本群体基因库纯度进行实时监测。本发明还公开了用于上述鲢、鳙及其杂交和遗传渐渗个体进行鉴定的试剂盒。本发明的鉴定方法具有准确度高、分辨率高和速度快的优势。