本发明公开了一种微生态系统的构造方法，包括以下步骤：构造微生态池，池深0.4~0.6米，池底1/8~3/8面积设置15~20cm高的泥巴堆，池中水面还设置有沙堆；设置进排水系统，控制微生态池内的水深为12~14cm；收集人类粪便，并进行发酵；蚯蚓培养：蝇蛆培养：将蚯蚓和蝇蛆引入到微生态池中；在泥巴堆上春、夏季节种竹叶菜，秋冬季节种豆瓣菜、水芹；水中放泥鳅20尾/平方米、黄鳝4尾/平方米、乌龟4个/平方米；克氏原螯虾1对/10平方米。本发明适合于利用生活废弃物，培养蝇蛆、蚯蚓，通过养殖水产动物，种植水生蔬菜，使生物废弃物成为人们的緑色食品，对国家既能遏制天然水体富营养化，又能稳定物价。