本发明公开一种蛤类的远缘杂交方法，它采用群体杂交模式，首次实现了我国单产最高的菲律宾蛤仔Ruditapes philippinarum和杂色蛤Ruditapes variegata两种蛤仔的人工种间杂交，突破了两个物种间存在的繁殖期生殖隔离障碍，获得珍贵的用于研究蛤仔属遗传进化、物种形成的中间材料，同时获得具有显著杂种优势新品种，为蛤仔产业发展及遗传改良奠定基础；它为蛤仔遗传进化、物种形成提供了宝贵材料，也为其新品种培育提供了方向。本发明可以规模化生产杂种，有效改良现有蛤仔的养殖性状。