本发明提供一种内窥镜系统、光源装置、及内窥镜系统的控制方法。内窥镜系统(10)的光源装置(13)具有：发出在用于得到通常观察图像的照明光中利用的白色光的白色光源(30)；以及半导体光源单元(31)。半导体光源单元(31)发出氧饱和度测定光，该氧饱和度测定光具有蓝色区域的局部的窄波长域，向观察部位照射，用于测定观察部位存在的血管的血中血红蛋白的氧饱和度。光源装置(13)除了氧饱和度测定光之外，将白色光中包含的红色区域的光作为用于测定血管的血液量的血液量测定光，向电子内窥镜(11)供给。基于摄像元件根据氧饱和度测定光及血液量测定光而输出的第一及第二摄像信号，算出血液量及氧饱和度，对氧饱和度和血液量这双方的信息进行图像化。