本发明公开了一种饲用多功能微生物活菌制剂的制备方法。该制剂由酿酒酵母、产朊假丝酵母、枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌和干酪乳酸菌的两种或两种以上组成的混合菌在特定培养基中培养，发酵过程采取添加亚硒酸钠，发酵温度28℃-35℃，发酵36-48h小时，获得富含有机硒和谷胱甘肽的微生物活菌制剂。该制剂一方面具有常规微生物活菌制剂的功能，如能调节动物肠道微生态平衡，增强机体免疫机能和抗应激能力，另一方面富含有机硒和谷胱甘肽，具有硒利用率高、毒性低、增强动物免疫能力等优点，能够有效提高畜禽养殖效益。