本发明提供一种具有埋入式微孔洞结构的氮化物底层，用于外延生长制备高外量子效率的氮化镓基发光二极管，同时揭示一种形成埋入式微孔洞结构底层的制备方法。具体步骤包括：1）制备具有不同生长速率晶面的图形衬底；2）在所述衬底上采用金属有机化学气相沉积技术（MOCVD）或者分子束外延技术（MBE）生长氮化物成核层；3）采用所述沉积技术在准二维生长条件下外延生长氮化物层；4）采用三维外延生长条件，外延生长三维氮化物层；5）采用二维生长条件外延生长氮化镓层。本发明避免了为形成孔洞结构而需要采用的复杂芯片工艺，解决了采用芯片工艺对芯片可靠性的影响，有效减小孔洞结构的尺寸，增加器件稳定性和抗压可靠性。