本发明提供一种掩膜版、有机层加工方法、有机发光二极管显示基板制备方法，属于有机层加工技术领域，其可解决现有的有机发光二极管显示基板发光层中的辅助过孔制备难度高、良率低的问题。本发明的掩膜版分为透光区和遮光区，透光区与待去除的有机层区域对应，且透光区处设有光热转换材料，用于将光能转换为热能；遮光区处设有阻光层，用于阻挡光透过。本发明的有机层加工方法包括：使上述掩膜版具有光热转换材料的一侧与有机层接触；用激光照射掩膜版，使光热转换材料升温，利用光热转换材料产生的热能将对应透光区的有机层蒸发去除。本发明的掩膜版适用于对有机层进行加工，尤其适用于在有机发光二极管显示基板的发光层中形成辅助过孔。