本发明公开了一种薄膜光电子器件短路缺陷钝化方法及其装置，一种薄膜光电子器件短路缺陷钝化方法，薄膜光电子器件包括金属基板电极、设置在金属基板电极上的单层或复数层的半导体和透明导电氧化物，该薄膜光电子器件可能具有短路区域，它包括以下步骤：配置电解液，并将电解液加入容器中；设定直流脉冲电源的波形、频率、电压值和脉冲数；将待钝化的薄膜光电子器件的金属基板电极与第一电极相电接触，将第一电极与直流脉冲电源的一端相连，将直流脉冲电源的另一端与第二电极相连，将网状半透明的第二电极浸入电解液中；通过移动装置将待钝化的薄膜光电子器件和第一电极浸入电解液中并保证其与第二电极保持平行，接通直流脉冲电源和激发光源。