本发明公开了一种香港牡蛎耐高盐新品系的制种方法。它包括a、亲本选择：以华南沿海周年平均盐度≥24ppt海域的野生香港牡蛎作为耐高盐亲本类群；b、亲本促熟：以a步骤中亲本类群作为基础群体，将其放置于盐度27-30ppt海水中促熟；c、子代培育：以b步骤中成熟的亲本类群作为繁殖群体，在盐度27-30ppt海水中按照常规方法培育子代，获得耐高盐新品系F1；d、品系纯化：以c步骤的耐高盐新品系F1作为亲本，重复b-c步骤若干次，通过若干代连续纯化，即可获得香港牡蛎耐高盐新品系。本发明获得香港牡蛎耐高盐新品系可以在纯海水中养成，结束了传统上紧紧围绕河口区域进行养殖的习惯，使其养殖面积扩大若干倍，产量及产值得到了大幅到提高。