本发明提供一种用于生兽辅助防疫的复合微生态制剂，其制备方法的具体步骤：将冷冻保藏管中的嗜酸乳杆菌、醋酸杆菌、沼泽红假单胞菌、酿酒酵母分别在斜面中活化，之后纯化得各斜面菌种，备用；利用各斜面菌种制备相应的原菌液；将各原菌液按1：1：1：1的菌量比接种于已灭菌的发酵培养基Ⅰ中进行培养，得复合微生态制剂的一级种子；将一级种子按5%的接种量接种于已灭菌的发酵培养基Ⅱ中培养得复合微生态制剂的二级种子；最后将二级种子按5%的接种量接种至已灭菌的发酵培养基Ⅲ培养以获得复合微生态制剂的成品。利用本发明复合微生态制剂能够在生兽养殖场起到阻隔病菌传播的作用，从而提高了生兽养殖抗病能力。