本发明公开了一种利用中草药提取物做为辅料的多元饲料及其制备方法，杀菌水产养殖肥料，包括原料组成为尿素、磷酸钾、磷酸铵、米糠、益生菌和中草药添加剂；水产养殖肥料的制备方法，包括以下几个步骤：（A）按配方量称取各中草药组分，加水提取1-3次，得到中草药提取液，浓缩后喷雾干燥得中草药添加剂，备用；（B）按重量分数称取尿素、磷酸钾、磷酸铵、米糠、益生菌和中草药添加剂进行搅拌混合，然后将原料送进发酵池中进行发酵，得到肥料。本发明添加了具有杀菌效果的中草药颗粒，通过发酵，使得各种成分的作用得到充分的发挥，应用于水体起效快、作用时间持久、绿色环保并且具有杀菌效果；另外，本发明配方合理，制备方法简单。