本发明公开了一种高防腐电弧喷涂锌铝合金涂层封孔剂，以1升所述封孔剂为基准，包括以下组分，乙烯基-三甲氧基硅烷16-22克/升，环氧树脂200-220克/升，丙烯酸树脂40-70克/升，乙醇45-55克/升，硫脲3-6克/升，磷酸3-6克/升，余量为水。本发明同时还公开了该封孔剂的制备方法及其应用。本发明能够对统电弧喷涂锌铝合金涂层进行封孔处理，而在经封孔剂封孔处理后在其表面结合形成化学氧化膜，能显著降低电弧喷涂锌铝合金涂层的孔隙率，提高电弧喷涂锌铝合金涂层的抗腐蚀能力，并且封孔剂环保无污染。