本发明公开了一种集装箱用水性聚氨酯防腐蚀涂料及其制备方法，按重量百分比计，其原料配方由以下组分构成：自来水5-14％、水性聚氨酯分散体20-50％、丙烯酸乳液10-20％、防锈颜料5-10％、体质填料10-25％、着色颜料0-15％、防沉剂0.3-1.0％、成膜助剂2-6％、增稠剂0.3-1.0％、消泡剂0.1-0.4％、耐盐雾疏水剂0.5-1.0％、防腐防霉剂0.1-0.3％、pH调节剂0.1-0.4％、润湿分散剂0.5-1.0％、防冻剂0.5-2％、流平剂或基材润湿剂0.1-0.4％；本发明产品不含有机溶剂和重金属等有害物质，环保性极佳，其施工简单方便，储存安全稳定，性能优异。