本发明公开了一种阴道抑菌、杀病毒组合物及其应用。一种阴道抑菌组合物，包含聚六亚甲基双胍盐酸盐0.01~3重量份，乙二胺四乙酸二钠0.01~3重量份，甘油0.2~60重量份，羟乙基纤维素0.06~1.8重量份，氯化钠0.015~4.5重量份，乳酸0.02~6重量份。本组合物抗菌、抗病毒的同时不杀死阴道正常寄生的乳酸杆菌，保护阴道的微生态系统平衡。可用于制备治疗细菌和病毒感染的阴道疾病的药物、医疗器械、消毒剂，有助于阴道恢复正常生理功能。