本发明公开了一种用于控制植入式医疗器械的通信系统及方法。该系统包括体外程控设备和体内植入式医疗器械，植入式医疗器械包括主处理单元、为主处理单元供电的电池、及独立于主处理单元的认证单元。认证单元，用于接收程控设备所输送的能量以进行开启，并在检测到主处理单元不在通信时向程控设备返回认证启动信号，且基于挑战应答式与程控设备进行认证操作；主处理单元，用于在认证单元认证成功时，与程控设备建立通信链路，并接收和处理程控设备所发的控制指令。实施本发明的技术方案，可延长电池的使用寿命，而且，也增强了使用的安全性。