本发明公开一种外源基因可移除的慢病毒受控表达载体系统及应用。该系统包括反应/调节质粒和包装质粒，构建方法：通过定点突变，将loxP序列插入pSMPUW 3’LTR，将TRE和最简化CMV启动子取代原启动子，并将源性报告基因插入MCS，得反应质粒；将CMV-rtTA2S-M2序列、EMCV序列及Cre-ER序列插入定点突变的pSMPUW，得调节质粒。应用：包装得反应/调节慢病毒；将二者共转染靶干细胞，用Dox诱导外源性报告基因表达并进行显像示踪，最后用4-OH-tamoxifen诱导切除外源性报告基因。本发明实现了外源性报告基因在体内的受控表达，还可即时将其移除，避免其对靶细胞正常生理功能的干扰。