本发明提供了一种SCF-Fc融合蛋白，其特征在于，所说的SCF包括胞外区全部序列，所说的Fc片段包括铰链区、CH2区和CH3区，所说的SCF与Fc序列之间为直接融合或通过连接序列融合。本发明的SCF-Fc融合蛋白可用于建立溶细胞性SCF-Fc融合蛋白，一过性的清除cKit表面受体阳性的造血干细胞，激活骨髓造血干细胞微环境－Niche,促进造血干细胞归宿至干细胞微环境，诱导和增强混合嵌合体的形成，以诱导移植免疫耐受，还可以应用于对血液系统遗传性细胞异常疾病的干细胞治疗；用于建立非溶性的SCF-Fc融合蛋白可以应用于SCF的替代疗法，以及用于标记和分离骨髓造血干细胞。