本发明公开了一种测定造血干细胞移植后患者骨髓微环境评测的试剂盒、系统及方法，该试剂盒、系统和方法的应用基于流式细胞仪，所述试剂盒中配置了下述荧光标记的单克隆抗体试剂：CD34-FITC、CD146-PE、CD45-PerCP和CD133-APC。所述系统中设有主控计算机单元和存储有经验数据和图形的存储单元，该硬件的配置是实现测定的重要保证。本发明首次将CD45^–CD34^–CD146⁺细胞在骨髓单个核细胞中的表达比例作为评价造血干细胞移植后血液病患者骨髓微环境品质的指标之一，对于预测造血干细胞移植后血液病患者植入不良的发生具有指导意义，对于指导制定植入不良患者的临床治疗方案具有重要的参考价值。