本发明公开了一种肿瘤干细胞疫苗及其制备和应用。本发明所述的肝癌干细胞疫苗包括：按体积比为3:1:1混合的灭活的肝癌干细胞、甘露聚糖肽和脂肪乳。本发明所述的肝癌干细胞疫苗的制备方法，包括以下步骤：获得肝癌干细胞；将所述肝癌干细胞灭活；以及将灭活的肝癌干细胞冻融在生理盐水里，与佐剂甘露聚糖肽、脂肪乳混匀，从而获得所述的肝癌干细胞疫苗。本发明提供了根据本发明所述的制备方法获得的肝癌干细胞疫苗用于制备治疗肝癌的药物中的用途。本发明为肝癌的治疗及其疫苗的制备提供了一种新的途径，对肝癌患者具有积极地治疗效果，可增强患者的免疫功能，对延长患者的生存时间具有积极作用。