本发明公布了一种干细胞运输箱，包括箱体和设置在该箱体顶部的箱盖，所述箱体侧壁的夹层中设置有通过恒温控制器控制的加热装置；所述箱体内部设置有多组干细胞冻存管架，每组所述干细胞冻存管架两侧分别通过弹簧支撑架嵌入在所述箱体内壁上设有的斜孔固定板上；所述箱体底部设置有与所述干细胞冻存管架相对应的盛水托盘，所述盛水托盘的上部外缘向所述盛水托盘的中心水平延伸并形成挡水边；所述盛水托盘的底部边缘向所述盛水托盘的底部中心逐渐过渡形成凸起。本发明整体结构简单，成本低廉，安全可靠；具有很好的保温保湿效果。便于干细胞的运输，特别是长途运输，可保证细胞在运输过程中生长状态良好，减少应激反应。