本发明公开了一种药物筛选方法，包括如下步骤：（1）将模式生物按SNP次要位点的多少分组排序，以SNP次要位点数目正常组为标准，选出SNP次要位点数多于正常组的一组模式生物；（2）将待测药物分别作用SNP次要位点多的一组模式生物；（3）选出对模式生物起作用的一组药物。该方法通过SNP次要位点多的动物模型来筛选对遗传变异过多而起作用的化合物，提供了一种全新的药物筛选方法。本发明的方法可检测各种化合物对这些品系分裂或生殖能力或其它复杂形状的影响，从而获得只对次要位点过多的一组有强烈效果的药物。