本发明提供一种采用溶剂结晶精制栀子黄色素的方法，属于植物提取领域。该方法包括如下步骤：在栀子黄色素粗品中加入溶剂A，在10-30℃条件下搅拌使栀子黄色素粗品溶解或加热至35～100℃使栀子黄色素粗品溶解，过滤取滤液；所述溶剂A的组成为：亲水性有机溶剂70-100%，水0-30%；将滤液结晶，干燥即得栀子黄色素。采用该方法得到的栀子黄色素色价大于200，A₂₃₈／A₄₄₀和A₃₂₅／A₄₄₀均小于0.2。采用上述方法制备的栀子黄色素在制备食品、保健食品、化妆品、药物组合物和西红花单体化合物中的应用。