本发明公开了一种水产养殖用混合微生物制剂及其制备方法，所述混合微生物制剂包括以下重量份菌种：枯草芽孢杆菌30～35份、地衣芽孢杆菌20～30份、巨大芽孢杆菌20～25份、沼泽红假单胞菌15～20份、啤酒酵母30～50份、光合细菌18～20份、硝化细菌10～13份、粪链球菌1～5份、纳豆菌5～10份和双歧杆菌10～15份；该混合微生物制剂通过扩大培养、常温分离、低温分离和低温干燥等步骤制得。本发明的制备方法简便易行，可批量生产，所制备的混合微生物制剂可明显降低水体内氨氮、亚硝酸盐的含量、抑制有害细菌的繁殖，提高水质质量和鱼虾蟹的抗病能力，减少了药物和抗生素的使用量，有效提高了水产养殖产品的质量和数量。