本发明公开了一种毛细管酶阵列微反应器及应用。本发明基于共价固定技术将多种酶可寻址分段的构筑于毛细管内，构成酶阵列微反应器。该反应器是多种类型酶反应器的集成，单位时间内可同时实现多种酶相互作用的高通量分析，大大缩短了研究周期。其方法简便、成本低廉、分析高效且易于自动化，用于酶抑制剂、药物的高通量筛选等，具有重大的科研价值和经济效益。